Оба варианта возможны:

1. Изменение условий трудового договора с внесением в него изменений, заключив дополнительное соглашение. При этом за работником сохраняется право использовать очередной трудовой отпуск согласно графику отпусков, независимо от даты перевода на основную работу.

2. Прекращение трудового договора по совместительству и заключение трудового договора по основному месту работы. В этом случае, при прекращении трудового договора с работником производится полный расчет с выплатой компенсации за все неиспользованные трудовые отпуска (ст.151 ТК), либо производится удержание за использованные, но не отработанные дни отпуска (ст.164 ТК).

При заключении нового трудового договора по основному месту работы, работник имеет право на первый трудовой отпуск только по истечении 6 месяцев со дня заключения трудового договора (ст.143 ТК).

Подробно оформление данных процедур описано в вопросе 8417.