Да, можно продолжить работу в ЕНСТ со вторым ключом ЭЦП, так как он равнозначен первому.

Юридические лица могут иметь несколько ключей ЭЦП. Регистрация сертификата каждого ключа ЭЦП осуществляется отдельно (п.14 Прил.2 к ПКМ №215 от 26.09.2005 г.).

Все ключи ЭЦП юридического лица одинаково содержат наименование юридического лица, а также данные директора. Оба ключа могут одинаково использоваться не только для работы в ЕНСТ, но и на других платформах, где требуется ЭЦП (кабинет налогоплательщика, электронные счета-фактуры и др.).

Таким образом, технически не должно быть никакой разницы - работа в ЕНСТ будет вестись одним и тем же ключом ЭЦП, или разными, так как в обоих случаях будет стоять подпись директора.