При прекращении трудового договора с работником, производится полный расчет и выплачивается денежная компенсация за все неиспользованные дни отпуска (ст.151 ТК), независимо от причины прекращения трудового договора.

За период с 03.02.2020 по 16.05.2020 г. вам необходимо эту компенсацию рассчитать пропорционально фактически отработанному времени, исключив период отпуска без сохранения заработной платы (ст.142 ТК):

24 (полный размер отпуска) : 12 (количество месяцев в году) х 2 (кол-во отработанных полных месяцев) = 4 рабочих дня (ст.141 ТК).

Период нахождения работника в отпуске без сохранения заработной платы исключается из расчета отпускных, если иные правила не предусмотрены в коллективном договоре, ином локальном акте предприятия или трудовом договоре (ч.2 ст.142 ТК). Если Вами предусмотрено включение периода отпуска без сохранения заработной платы в стаж работы, дающий право на компенсацию – компенсация  должна быть произведена за три полных месяца, т.е. - за 6 рабочих дней.

Обращаем внимание, что отпуск без сохранения заработной платы, предоставленный родителям воспитанников дошкольных образовательных организаций и учащихся начальных классов общеобразовательных учреждений при приостановлении их деятельности в период действия карантинных мер, входит в трудовой стаж вне зависимости от его продолжительности (п.9 Положения рег. МЮ №3227 от 28.03.2020 г.).