Начнем с того, что главный бухгалтер является основным финансовым управляющим в организации. Основные функции главного бухгалтера организации определяются работодателем и закрепляются в его должностной инструкции. Как правило, основными должностными обязанностями главного бухгалтера являются учет финансово-хозяйственной деятельности, сдача налоговой и статистической отчетности, а также ведение расчета с персоналом организации.

В вашем случае, Вы намерены осуществлять надбавку к заработной плате главному бухгалтеру за те функции, которые уже и так являются его основными должностными обязанностями. Принимая во внимание, что штатным расписанием Вашего предприятия не предусмотрена должность расчетного бухгалтера, то и устанавливать надбавку с непредусмотренной локальными документами должностной единицы Вы не имеете право.

Согласно пункту 23 Положения о порядке работы по совместительству и совмещения профессий и должностей, утвержденного Постановлением Кабинета Министров от 18 октября 2012 года №297, доплата производится за совмещение профессий и должностей, выполнение наряду со своей основной работой обязанностей временно отсутствующих работников, что в вашем случае не применимо.

Разделение обязанностей бухгалтеров практикуется в таких организациях, где в штате находятся несколько бухгалтеров. Для уточнения круга функциональных обязанностей бухгалтера применяются такие наименования должностей как  «Бухгалтер-ревизор», «Расчетный бухгалтер», «Материальный бухгалтер», «Экономист по бухгалтерскому учету» и другие.

В этой связи, считаем не целесообразным, оплачивать главному бухгалтеру за ту работу, которая входит в его обязанности.